Wydział Biologii i Nauk o Ziemi

• Studia doktoranckie w zakresie biologii.
• Studia doktoranckie w zakresie geografii.

Wydział Chemii

• Studia doktoranckie w zakresie chemii.

Wydział Filologiczny

• Studia doktoranckie w zakresie językoznawstwa.
• Studia doktoranckie w zakresie literaturoznawstwa.

Wydzial Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

• Studia doktoranckie w zakresie fizyki i astronomii.

Wydział Humanistyczny

• Studia doktoranckie w zakresie filozofii.
• Studia doktoranckie w zakresie socjologii.

Wydział Lekarski (Collegium Medicum w Bydgoszczy)

• Studia doktoranckie w zakresie nauk medycznych.

Wydział Matematyki i Informatyki

• Studia doktoranckie w zakresie matematyki.
• Środowiskowe Studia doktoranckie w zakresie informatyki.

Wydział Nauk Ekonomicznych i Zarządzania

• Studia doktoranckie w zakresie ekonomii.
• Studia doktoranckie w zakresie nauk o zarządzaniu.

Wydział Nauk Historycznych

• Studia doktoranckie w zakresie archeologii.
• Studia doktoranckie w zakresie bibliologii.
• Studia doktoranckie w zakresie historii.

Wydział Nauk Pedagogicznych

• Studia doktoranckie w zakresie pedagogiki.

Wydział Politologii i Studiów Międzynarodowych

• Studia doktoranckie w zakresie nauk politycznych.

Wydział Prawa i Administracji

• Studia doktoranckie w zakresie prawa.

Wydział Sztuk Pięknych

• Studia doktoranckie w zakresie nauk o sztuce.
• Studia doktoranckie w zakresie sztuk plastycznych.